Børnenes Universitet er støttet af Nordea-fonden
Børnenes Universitet samarbejder med Danish Science Factory, Dansk Naturvidenskabsfestival, Experimentarium og Tycho Brahe Planetariet. Blandt andet afholder de ovenstående organisationer alle en workshop under Børnenes Universitet.
Castus, Rynkeby og froosh sponsorerer forplejningen til Børnenes Universitet.